Пугачёвцев поддержали работные люди 64 уральских горных заводов. Армия восставших получила из них не только пополнение людьми (6200 человек), но ещё и около 120 пушек, свыше 340 ружей, почти 170 тысяч рублей деньгами, продовольствие и фураж.

Однако часть горнозаводских рабочих с оружием в руках защищала… свои заводы от пугачёвцев. Этот ранее неизвестный факт сегодня стал достоянием отечественной истории.

Повстанцы вскоре доводят свою численность до двадцати тысяч человек и начинают движение на берега Волги, на Казань 12 июля город был взят яростным штурмом, но гарнизон укрылся в местном каменном кремле. 15 июля под Казанью состоялось большое сражение, в котором восставшие вновь оказались разбитыми. На Арском поле корпус правительственных войск И. И. Михельсона праздновал полную победу. Его противник потерял около двух тысяч человек убитыми и пять тысяч пленными.

…Спасаясь от преследования, Емельян Пугачёв с небольшим отрядом у Кокшайска переправляется на правый берег Волги. На Волжском Правобережье начался последний всплеск Крестьянской войны. В армию восставших влились татары, чуваши, мордва. Пугачёв, покинув районы наибольшего размаха восстания, пошёл на Дон в надежде поднять местное казачество. Он намеревался после этого идти на Москву.

Императрица Екатерина Великая отправила на подавление новые воинские силы — до двадцати пехотных и кавалерийских полков, казачьи части и корпуса дворянского ополчения под общим командованием опытного генерал-аншефа П. И. Панина. Война с Турцией закончилась подписанием мира, и у Санкт-Петербурга оказались высвобождены значительные армейские силы. Отряды повстанцев, неорганизованные и плохо вооружённые, стали повсеместно терпеть поражения.

Емельяну Пугачёву так и не удалось пробиться на Дон. В 75-ти километрах южнее Царицына произошло последнее крупное сражение Крестьянской войны. Лишившись из-за измены яицких казачьих старшин всей артиллерии уже в начале столкновения, повстанцы потерпели разгромное поражение под Чёрным Яром от войск И. И. Михельсона.

Самому Емельяну Пугачёву удалось бежать на левый берег Волги с отрядом всего из 164-х казаков. В Заволжье он был схвачен казачьими старшинами и передан правительственным властям.

Пугачёв был доставлен в Москву, где 10 января 1775 года был казнён на Болотной площади. Тысячи участников восстания были казнены, наказаны плетьми или сосланы в Сибирь.

Екатерина II приказала наказать и мятежное Яицкое казачье войско, которое было переименовано в Уральское. Река Яик стала Уралом. Станица Зимовейская — Потёмкинской. Волжское казачество в своём большинстве переселили на Терек…

Родился в семье сотника Черниговского казачьего полка. Отец сделал всё, чтобы дать сыну хорошую подготовку, которая позволила бы тому получить университетское образование за границей. С детства Афанасий Шафонский отличался любознательностью и тягой к знаниям.

Он оказался среди тех российских юношей, которые посылались для обучения за границу. Обучение продолжалось с 1756 по 1763 год. За эти восемь лет он получил три докторских диплома. В Галле — доктора права, в Лейдене — доктора философии, в Страсбурге — доктора медицины. Врачебное дело в конечном итоге стало для него главной профессией в жизни.

Вернувшись в Отечество, он пробовал себя на многих поприщах: был экономистом, этнографом, врачом… С 1769 года А. Ф. Шафонский становится старшим доктором Московского генерального госпиталя.

Афанасий Филимонович стремился проникнуть в тайны происхождения, развития эпидемий и разработать методы борьбы с ними. В скором времени он стал, благодаря своей неутомимости в исследовательских трудах, одним из основоположников российской эпидемиологии, признанным в Европе специалистом в этой области.

Для той эпохи его исследования в области эпидемиологии имели неоценимое значение. Шафонский первым обнаружил чуму в Москве и стал настаивать на немедленных карантинных мероприятиях с «моровой язвой», которая в средневековой Европе опустошала не только обширные области, но и целые государства.

Однако московские власти не желали прислушиваться к голосу разума, считая открытия старшего доктора Московского генерального госпиталя несостоятельными. Все высказываемые им предупреждения должного понимания не находили. Современник писал:

«Голос Шафонского — это был первый голос, предостерегающий Москву от грозящей опасности, и если бы лень и упрямство… не заглушали этого голоса, Москва, без сомнения, была бы спасена».

К концу февраля 1771 года выяснилось, что эпидемия в городском госпитале, унёсшая 22 человеческих жизни, отступила. Чумной карантин вокруг Москвы был снят. А само здание Московского генерального госпиталя, как хранилище заразы, по высочайшему указу императрицы Екатерины II было сожжено.

Однако эпидемия не отступила. Екатерина посылает в первопрестольный град, в котором начались народные волнения, своего фаворита графа Григория Орлова. Ему указом императрицы предписывалось завершить борьбу с эпидемией чумы и «успокоить» город. Орлов для борьбы с «моровым поветрием» создаёт консилиум местных врачей, в состав которого входит и А. Ф. Шафонский.