В ходе наступления через Бельгию и Голландию «Шторьхи» ни разу не появлялись там, где шли бои. В воздухе шла борьба между люфтваффе и авиацией союзников. Fi-156 применялись там, где небо уже было очищено от самолетов противника. В частности, описан прилет в деревню Вольфспаласт на «Шторьхе» Германа Геринга, желавшего лично осмотреть наступающие немецкие войска.

Посадочная фара и трубка Пито быт смонтированы под левым крылом самолета. На этом «Шторьхе» 5F+XH, действовавшем на Балканах, желтого цвета были не только полоса на хвостовой части фюзеляжа, но и капот мотора.

Топливные баки на «Шторьхе» располагались в крыле, по обе стороны от кабины, и обычно заполнялись с помощью канистр.

Орел над наступающим танком на эмблеме символизирует роль этого «Шторьха», который вез тактическую разведку в интересах танкового подразделения. Хеншель Hs 126 также широко использовался в качестве разведывательного самолета.

После наступления российской зимы 1941-42 годов, у «Шторьхов» возникли проблемы при действиях с покрытых снегом передовых аэродромов. «Шторьх» РV +ZO на снимке взлетает со слегка припорошенного снежком поля, но это было пределом при использовании колесного шасси.

Использование лыж, крепившихся к длинным стойкам шасси, решило проблему со снегом и значительно расширило возможности использования самолета в зимнее время. «Шторьх» мог совершать вист и посадку даже при очень большой толщине снежного покрова, если наст был достаточно прочным.

В первый день боев во Франции произошел еще один любопытный и таинственный эпизод в истории Fi-156. В тот день были сожжены все двадцать два самолета «Шторьх» из состава Aufklaerungsgruppe 156, при этом погибли два летчика, а еще двое пропали без вести. Историкам так и не удалось узнать подробности этого события. Есть только два наиболее убедительных предположения. Согласно первому предположению на аэродром прорвались французские танки, которые уничтожили незаправленные самолеты. По другому предположению, машины отряда совершили вынужденную посадку на территории, занятой противником, поэтому экипажи поспешили уничтожить машины, чтобы те не достались французам.

В конце мая 1940 года один курьерский «Шторьх» был перехвачен английским «Спитфайром». Но немецкий летчик, используя свой опыт и маневренность машины, сумел переиграть англичанина, и увлечь его под прицельный огонь немецкой зенитной артиллерии.

После разгрома союзников во Франции и эвакуации остатков английского экспедиционного корпуса из Дюнкерка, «Шторьхи» снова появились в небе Франции, перевозя высших штабных офицеров. 4 июня только что назначенный генерал-инспектор люфтваффе генерал-лейтенант Эрхард Мильх пилотировал Fi-156, демонстрируя его своему пассажиру, итальянскому атташе по вопросам авиации масштабы немецкой победы. Спустя десять дней на парижском аэродроме Ле-Бурже приземлился «Шторьх», доставивший генерал-полковника Фёдора фон Бока, командующего группой армий «Б», который должен был принимать парад немецких войск на площади Согласия. Чуть позже он пролетел на своем самолете над марширующими колоннами вермахта над Елисейскими полями в направлении Эйфелевой башни.

Летом 1940 года было решено приспособить «Шгорьх» для борьбы с подводными лодками противника. С этой целью на самолет установили прицел для метания глубинных бомб. Fi-156С-3 оснастили пулеметом MG 15, радиостанцией FuG 17, а также спасательные средства. На стойках главного шасси поставили крепления для дымовых шашек, а под фюзеляжем и крыльями установили три замка для трех глубинных бомб SC 50 или трех LC 50F. В последнем случае это были глубинные бомбы французского производства массой 65 кг. Предусматривалась возможность подвески одной 150-кг глубинной бомбы под фюзеляжем. Прицеливание обеспечивал складной прицел Revi C/12/D, такой же, что ставился на «штуки». Прототип такого самолета получил обозначение Fi-156U. Испытания прототипа проходили в Рехлине. Было установлено, что наилучшие результаты приносит бомбометание при пикировании под углом 60 градусов. На этом дальнейшие работы над проектом свернули.

В конце «битвы за Англию», поздней осенью 1940 года на вооружение приняли новую версию «Шторьха» – Fi-156D. Это по сути был Fi-156С-3 со снятым вооружением, приспособленный для эвакуации раненых. Самолет имел большие двери по обоим бортам и открывающиеся окна в задней части кабины. Это позволяло грузить в самолет двух лежачих раненых на носилках. Для носилок внутри фюзеляжа предусматривались специальные крепления.

Пилот «Шторьха» DJ+RF, с пассажиром на борту, прогревает мотор перед взлетом. Судя по эмблеме па борту, чуть впереди и ниже ветрового стекла, машина принадлежала курьерской эскадрилье.

Нанесенный второпях, но очень эффективный зимний камуфляж, не закрывающий бортового номера и знаков национальной принадлежности, покрывает верхние поверхности «Шторьха» DJ+RF. Нижние поверхности сохранили светло-голубой цвет.

В 1940-1941 гг. в центре аэродинамических исследований (Aerodynamische Versuchanstalt) в Геттингене разработали особую модификацию «Шторьха», известную как проект AF-2. Здесь уже на протяжении нескольких лет проводились испытания по аэродинамике приповерхностного слоя воздуха. В случае «Шторьха» использовался стандартный фюзеляж, оснащенный новыми крыльями без топливных баков, которые перенесли под фюзеляж, и двигателем Argus As 10Н мощностью 275 л.с. В фюзеляже смонтировали компрессоры, которые обдували несущие плоскости. Благодаря этой мере удалось поднять коэффициент подъемной силы с 1/9 до 3/8. Результаты опытов, поставленных инженером А. Вёкнером, легли в основу всех последующих проектов, связанных с устранением нежелательных эффектов приповерхностного слоя.