Людовик XII унаследовал от Карла VIII канцлера Ги де Рошфора, сменившего на этом посту своего брата Гийома (ум. в 1497 году). Оба брата были из числа талантливых бюрократов служивших при бургундском дворе, и в 1477 году перейдя на службу к французскому королю сделали прекрасную карьеру. Людовик подтвердил полномочия Ги де Рошфора в июне 1498 года [272] . Хотя Рошфор и обладал как канцлер широкими полномочиями, он, по-видимому, большого личного влияния на Людовика не имел. Двумя людьми, которые оказывали влияние на короля, были королевские секретари Флоримон Роберте и Этьен де Поншер. Знание Роберте итальянского, немецкого, испанского и, возможно, английского языков позволило ему сделать карьеру находясь на службе у Пьера Бурбонского. Затем он служил секретарем Карла VIII, а после восшествия на престол Людовика стал и его личным секретарем, подписывавшим большинство писем и декретов короля. В 1501 году Роберте стал казначеем Нормандии, заняв в фискальной системе высокую должность, не требовавшую его отсутствия при дворе. Он проводил с королем больше времени, чем, возможно, любой другой чиновник, но трудно указать на какие-либо конкретные примеры его влияния до смерти в 1510 году кардинала Жоржа д'Амбуаза. Этьен де Поншер в первые годы царствования Людовика был единственным относительно новым человеком во власти. Родившись в Туре, он изучал право и благодаря влиянию Людовика в 1484 году получил место в Парижском Парламенте. В 1498 году он стал королевским секретарем, а в 1503 году — епископом Парижа, что не отвлекало его от постоянного присутствия при дворе.

Но безусловно, самым влиятельным членом двора Людовика был кардинал Жорж д'Амбуаз, хотя он и не занимал никакой официальной должности. В конце августа 1498 года миланский агент сообщил, что кардинал "правит безраздельно", а в 1502 году венецианский посол в своём донесении писал, что д'Амбуаз заведует всеми делами короля. Пять лет спустя в докладе папского нунция во Франции о кардинале прямо говорилось: "Он и есть истинный король французов" [273] . Родившись в 1460 году в семье нормандского дворянина средней руки, д'Амбуаз был на два года старше Людовика. Они знали друг друга с юных лет, и поэтому в самом начале своей карьеры Жорж поступил на службу к орлеанистам, завоевав неизменное доверие и привязанность Людовика. Благодаря заслугам своего отца перед Людовиком XI Жорж в девятнадцать лет получил епископство Монтобана, к тому моменту будучи уже четыре года аббатом. В 1482 году он стал архиепископом Нарбона. Влияние Людовика как губернатора Нормандии сыграло важную роль в том, что д'Амбуаз в 1493 году стал архиепископом Руана. Руан, вероятно, был самой престижной и богатейшей епархией во Франции, обеспечивая своему архиепископу годовой доход в размере около 17.000 ливров. В 1503 году Жорж выделил Людовику XII на войну в Италии 20.000 ливров [274] . Его возведение в сан кардинала было одной из милостей, оказанной Александром VI Людовику вскоре после его восшествия на престол.

Хотя д'Амбуаз имел выгоду из распространенной в ту эпоху практики совмещения важной церковной должности с деятельностью придворного политика, он подал хороший пример, которому впрочем мало кто последовал, отказавшись от этого плюрализма. Его использование доходов Руанской кафедры также было образцовым, но венецианский посол, несомненно, преувеличивал, когда написал, что кардинал отдавал весь свой епископский доход бедным [275] . Кардинал действительно внес значительный вклад в реконструкцию Руанского собора, но большая часть огромного богатства, накопленного им на королевской службе, была вложена в его замок Гайон.

Власть д'Амбуаза в Церкви, и без того огромная, значительно возросла в 1502 году, когда Александр VI назначил его своим legate a latere (временным легатом) во Франции. В результате во французской Церкви была создана, по сути, трехсторонняя система власти: король, Папа и кардинал-легат. Однако д'Амбуаз был предан интересам короля, и между ними не было конфликтов по поводу церковной политики. В полномочия кардинала как легата входило право утверждать десятину (субсидию взимаемую с духовенства в размере 10 % процентов от дохода) выплачиваемую королю, и похоже, он использовал своё влияние, чтобы отговорить Людовика от регулярных просьб об этом. Однако амбиции д'Амбуаза выходили далеко за рамки его важной роли в управлении французской Церковью. Многочисленные современники отмечали его жгучее стремление стать Папой. Говорили, что некоторые решения Людовика, касающиеся итальянских дел, принимались в основном с учётом того, как они могли бы повысить шансы его друга на избрание на этот пост [276] . На выборах 1503 года д'Амбуаз был близок к победе, но с тех пор у него больше не было шанса занять престол Святого Петра.

Роль д'Амбуаза в правительстве Людовика выходила за рамки внутренней политики и дел Церкви; он также был глубоко вовлечен во внешнюю политику в качестве дипломата и в течении четырех лет как губернатора Милана. Неудивительно, что во времена Людовика XII в народе ходила поговорка: "Это дело Жоржа!" ("Laissez faire a Georges!") [277] . В первые месяцы царствования нового короля парижские сатирики из корпорации Базош, резко критиковали его за то, что он предоставил слишком много власти Жоржу д'Амбуазу и его брату Луи, епископу Альби [278] .

Когда д'Амбуаз отсутствовал при дворе, его роль в формировании политики в значительной степени переходила к Пьеру де Роану, маршалу де Жье, до его опалы в 1504 году [279] . Пьер происходил из младшей ветви очень влиятельной бретонской семьи и будучи правнуком Бонны Висконти являлся дальним родственником Людовика. Его отец умер вскоре после рождения Пьера в 1451 году, и он воспитывался при дворе Людовика XI, который несмотря на юный возраст наделил его высокими должностями, включая вручение маршальского жезла в 1476 году, когда Пьеру было всего двадцать пять лет. Поэтому он тесно связал свою судьбу с французской монархией, выступив против своих бретонских родственников и Людовика Орлеанского, но быстро вошёл в его ближайшее окружение после того, как последний взошёл на престол. Несмотря на занимаемую должность маршала, Пьер постоянно находился при дворе и был одним из самых частых участников Королевского Совета, пока опала не лишила его этого права.

Жье, д'Амбуаз, Рошфор, Поншер и Роберте были постоянными участниками Тайного Совета (Conseil Secret), также известного как Совет по Делам (Conseil des Affaires), поскольку его членов называли "людьми по делам Его Величества" (les gens des affaires de Sa Mayeste) [280] . Все важные вопросы, касающиеся войны, финансов, правосудия, покровительства и религии, сначала обсуждались на Тайном Совете, обычно собиравшегося рано утром в покоях короля. Только после принятия решения, или если принять решение не удалось, вопрос выносился на рассмотрение Совета Сторон (Conseil des Parties), расширенного варианта Тайного Совета. В июле 1498 года Людовик опубликовал список тех, кто имел право присутствовать на заседаниях Совета Сторон, проходивших во второй половине дня и часто без присутствия короля. В него входили принцы крови, епископы, высокопоставленные королевские чиновники и президенты Парламента. Редко когда большинство из них одновременно находилось при дворе, но когда предстояло обсудить действительно важные вопросы, такие как война, король ожидал, что большинство на совещание соберется.

Царствование Людовика XII стало переходным периодом, когда различие между двумя Королевскими Советами ещё не было четко определено, и порой важные вопросы выносились непосредственно на рассмотрение Тайного Совета. Однако по большей части решения принимала небольшая группа ближайших доверенных лиц короля, где было мало шансов на ожесточенный раскол, подобный тому, что произошел в Королевском Совете в 1484 году. Появление Тайного Совета стало ещё одним шагом к лишению феодальной аристократии её традиционного влияния на короля и к укреплению королевской власти. Тем не менее, Сейссель, определил главную мотивацию создания Тайного Совета, как значительно возросшую потребность в конфиденциальности, обеспечиваемую привлечением к государственным тайнам лишь небольшого числа людей [281] .