Хотя посещаемость Тайного Совета была довольно стабильной, состав его членов значительно варьировался, поскольку на заседания приглашались видные дворяне, прелаты и королевские чиновники из отдалённых провинций, когда они приезжали ко двору. За первые шестнадцать месяцев царствования Людовика 66 человек подписали эдикты, принятые Советом Сторон, что указывало на их присутствие на одном или нескольких заседаниях, хотя многие заседания не привели к принятию какого-либо эдикта. Ровно половина этой группы подписала только один декрет из сорока известных на тот момент. Среди них были такие деятели, как первый президент Тулузского парламента и бретонский епископ. Жорж и Луи д'Амбуазы, Рошфор и Жье были наиболее частыми подписантами. Большинство из тех, кто посещал Совет Сторон в первые годы царствования Людовика, были активны и во времена Карла VIII [282] .

К 1498 году многие судебные функции средневекового Королевского Совета перешли к отдельному институту — Большому Совету (Grand Conseil). Несмотря на то, что к 1300 году был создан отдельный судебный орган — Парламент, — Королевский Совет продолжал играть активную роль в рассмотрении дел, касающихся важных лиц или вопросов. Поскольку Совет странствовал вместе с королем, трудно было добиться быстрого рассмотрения и вынесения решений по делам. В Книгах жалоб сословий (Cahiers of the Estates) 1484 года содержался резкий протест по поводу сложившейся ситуацию. В 1497 году Карл VIII сделал важный шаг к созданию отдельного судебного органа, определив типы дел, которые он будет рассматривать, и разместив его в Париже, несмотря на решительные протесты со стороны Парламента. В начале своего царствования Людовик XII издал эдикт, устанавливающий состав Большого Совета в лице канцлера и восемнадцати магистратов. Король постановил, что дела, касающиеся лиц высокого положения и спорные выборы епископов и аббатов, должны отныне передаваться в Большой Совет [283] . Как и раньше это было с Парламентом, отсутствие короля в Большом Совете означало, что дела, имеющие большое значение из-за участвующих лиц или вопросов, по-прежнему обжаловались в Королевском Совете. Однако создание Большого Совета сократило судебную нагрузку на Королевский Совета. Но поскольку у Большого Совета не было сложившейся традиции независимости, развиваемой Парламентом на протяжении двух столетий, он гораздо реже оспаривал королевскую волю [284] .

Несмотря на то, что Парламент являлся институтом королевской власти, он на удивление был от неё независим. Термин парламент в широком смысле может относиться к совокупности судебных институтов, расположенных по всей Франции, или, в узком, к Парижскому Парламенту, верховному судебному институту. Парламент возник из феодальной обязанности короля вершить правосудие с помощью своих дворян-вассалов. К середине XIII века объем поступающих дел, для рассмотрения лично королём и его Советом, стал слишком большим и специализированным, поэтому был создан отдельный судебный орган, парламент, получивший в Париже постоянную резиденцию в Пале-Рояль. Вскоре он начал функционировать как суд первой инстанции по делам, связанным с преступлениями против королевской персоны, его прав и собственности, а также рассматривать апелляции из судов бальи и сенешалей, хотя король часто передавал эти апелляции в Королевский Совет. В 1499 году в Парижском Парламенте насчитывалось в общей сложности восемьдесят три магистрата.

Но наиболее важной обязанностью Парламента стала регистрация королевских декретов в официальном реестре. Вскоре Парламент получил право отказывать в регистрации декретов, которые он считал нарушающими основные законы королевства, интересы монархии или привилегии различных сословий королевства. Король мог обязать Парламент зарегистрировать спорный эдикт посредством письма с распоряжением. Если Парламент по-прежнему отказывался это сделать, монарх мог явиться туда лично, и распорядиться о регистрации указа используя свои королевские полномочия.

Парижский Парламент всегда считал себя верховным судом всего королевства, не имеющим только права рассматривать апелляции направленные лично королю, и он относился к провинциальным парламентам, начавшим появляться в XV веке, как всего лишь к своим филиалам. Трудности поездок в Париж и необходимость учитывать местные традиции в отдалённых провинциях привели к созданию парламентов в Тулузе, Бордо и Гренобле. Карл VII учредил их как суверенные суды для этих провинций, что означало, что апелляции из них направлялись непосредственно в Королевский Совет, а не в Парижский Парламент. У герцогов Бургундских был свой аналог парламента, и после 1477 года этот суд находился в правовом плане в подвешенном состоянии, пока в начале 1498 года Карл VIII не предоставил ему официальный статус и резиденцию в Дижоне.

В Нормандии английская оккупационная администрация оставила после себя институт, называемый Казначейством, который стал скорее судебным органом, чем финансовым учреждением. В последние десятилетия английского правления, лишённое контроля со стороны Лондона, Казначейство стало терять своё значение и эта тенденция сохранилась и после 1453 года. Состав Казначейства не был стабилен, поскольку люди, имевшие право в нём заседать, посещали заседания нерегулярно, хотя регулярное посещение не было большой проблемой, так как этот судебный институт собирался только раз в год, и всегда в разных местах. В Казначействе процветали взятки и фаворитизм, а вердикты выносились мучительно медленно. Людовик ознакомился с этой проблемой, когда исполнял обязанности губернатора Нормандии. Став королём, он призвал в Париж группу видных нормандцев, чтобы сообщить им о своём намерении создать для этой провинции свой парламент. В ответ нормандцы попросили созвать для консультаций провинциальную ассамблею сословий. Когда в начале 1499 года делегаты нормандских сословий собрались в Руане, канцлер Ги де Рошфор, выступая от имени короля, заявил: "Король обязан обеспечить правосудие своему народу… Он желает навести порядок во всех судах и юрисдикциях" [285] . Затем Людовик учредил Вечное Казначейство, с постоянным местонахождением в Руане; слово "казначейство" в названии этого судебного органа было сохранено по просьбе делегатов сословий; а Великий сенешаль Нормандии был полностью лишён полномочий по надзору за правосудием в этой провинции. Штат нового учреждения, всё же переименованного в парламент в 1516 при Франциске I, состоял из четырёх президентов и двадцати восьми магистратов.

В Провансе существовала довольно схожая ситуация, хотя проблемы с отправлением правосудия у Великого сенешаля Прованса и старого Высшего Совета (Conseil Eminent) не были столь печально известны, как в Нормандии. Поэтому Людовик в 1501 году учредил для Прованса парламент в Экс-ан-Прованс с одним президентом и двенадцатью магистратами. Таким образом к концу его царствования в королевстве существовало семь парламентов. Споры о юрисдикции между Парижским и провинциальными парламентами часто были очень ожесточенными. Короли иногда направляли дела особой важности в провинциальные парламенты, а не рассматривали их в Париже, поскольку провинциальные суды, как правило, были более склонны подчиняться королевской воле.

Апологеты Парижского Парламента часто называли его Сенатом, имея в виду Римский Сенат, как это сделал первый президент в своём обращении к Людовику XII в июле 1498 года [286] . Такое грандиозное представление о власти и независимости суда часто приводило к столкновениям с монархом. Хотя у Людовика было несколько споров с этим учреждением, в основном по делам Церкви, оно оказало ему хорошую услугу во время первого политического кризиса его царствования. Летом 1498 года король издал эдикт, предписывающий масштабную реформу Парижского Университета, одного из самых влиятельных и независимых субъектов в королевстве. Этим эдиктом правительство попыталось решить насущную проблему нахождения в столице большого числа (возможно, до 20.000 человек) малообеспеченных и не имевших никаких обязанностей бывших студентов [287] . Все эти люди продолжали претендовать на привилегии и защиту Университета, особенно на освобождение от налога на вино и товары, потребляемые членами этого учебного заведения. Их поведение часто было возмутительным, и они нередко провоцировали сотрясавшие город многочисленные столкновения между студентами и горожанами. Они также отстаивали право, поддерживаемое и Университетом, быть судимыми в его специальном суде, который, как известно, был к студентам крайне снисходителен.