Обвинения против Жье варьировались от незначительных до действительно серьёзных. К числу таких относилось и то, что он сказал Луизе, будто королева Анна её ненавидит. Суть обвинения заключалась в том, что в 1504 году, во время болезни короля, в неизлечимости которой Жье был убежден, он планировал государственный переворот. В обвинении говорилось, что, предвидя смерть короля, он приказал своим людям в Амбуазе, Анже, Лоше и Туре взять под контроль дороги и мосты и никого по ним не пропускать. Его предполагаемыми целями были: во-первых, помешать королеве Анне вернуться в Бретань, как это было после смерти Карла VIII; во-вторых, установить контроль над Франциском Ангулемским, чтобы главенствовать в новом правительстве; и в-третьих, узурпировать должность регента по праву принадлежавшей королеве Анне. Часто повторявшаяся история о том, что люди Жье остановили королеву плывшую в Бретань на своей барже, нагруженной драгоценностями и домашним имуществом, кажется апокрифической. В обвинительном заключении и показаниях свидетелей об этом не упоминается. Несомненно, если бы всё это в действительности произошло, то было бы включено в качестве самого вопиющего примера нарушения Жье своих полномочий. Вероятно, эта история возникла из факта отъезда Анны в Бретань после смерти Карла VIII и заявлений Жье о том, что он повторения подобного не допустит.

После составления обвинений Людовик, под давлением Анны и несмотря на собственное нежелание верить в виновность маршала, согласился передать это дело на рассмотрение Большим Советом. Боннин, как генеральный прокурор на этом процессе, оказался неумолимым обвинителем. В начале июля 1504 года он начал опрашивать свидетелей. Было допрошено большинство капитанов и лейтенантов, служивших под командованием Жье, включая брата Понбриана. Однако Боннин не смог найти ничего, что подтверждало бы обвинение в государственной измене. Во время допроса Понбриан отказался от ряда обвинений, но настаивал на достаточном количестве доводов, чтобы дело могло быть продолжено. Луиза Савойская была допрошена 17 июля в Амбуазе и смогла предоставить мало доказательств в поддержку обвинения. Она сообщила о мнении маршала о том, что королева его очень недолюбливает, что, по её словам, мало его беспокоило, поскольку он рассчитывал занять главенствующее положение при Франциске. Члены Большого Совета устроили в октябре в Орлеане допрос Жье, продлившийся неделю. Маршал отрицал какие-либо противоправные действия и смог дать убедительное объяснение всему, что он сделал или сказал. Затем Совет вызвал большинство ранее давших показания свидетелей, чтобы устроить с Жье очную ставку. Во время этих следственных действий между обвиняемым маршалом и несколькими враждебно настроенными к нему свидетелями, включая Луизу и Понбриана, произошла ожесточённая перепалка.

В начале декабря Боннин выступил перед судьями с пламенной речью, требуя признать маршала виновным в оскорблении величества и приговорить его к смертной казни. Тем не менее, Большой Совет во главе с канцлером Ги де Рошфором обвинительный приговор вынести отказался. Дело было отложено на три месяца, в течение которых Жье получил право находиться на свободе. Не сумев добиться обвинительного приговора, враги Жье были обескуражены, но тут в процесс вмешался гораздо более грозный противник маршала. Королева Анна, о враждебности которой по отношению к себе, по словам свидетелей, говорил Жье, узнала об этом и, как рассказывали, пришла в ярость. Она убедила мужа передать дело в Тулузский парламент, руководствовавшийся в своей деятельности римским правом, гораздо менее благоприятным для подсудимых. Король согласился и формально оправдал этот шаг тем, что Большой Совет был слишком занят другими делами. Анна отправилась в Бретань, чтобы лично руководить поиском свидетелей и документов для использования против Жье, и организовала специальную курьерскую службу в Тулузу. Ревностный Боннин остался прокурором и даже утверждал, что Тулузский парламент не должен назначать Жье адвоката из-за чудовищных преступлений, в которых его обвиняли. Судьи отклонили аргумент Боннина, но огромные трудности, с которыми они столкнулись при поиске адвоката для защиты маршала, едва не привели к тому что предлагал прокурор.

Летом 1505 года Тулузский парламент заслушал множество новых свидетелей. Все они сосредоточились на отношениях между Жье и Луизой, а также на прошлых преступлениях представителей семьи Роан. Жье попросил допросить самого короля, но никаких упоминаний о данных монархом показаниях нет. Людовик был в курсе хода дела, поскольку издал множество патентных писем, разрешающих различные аспекты как обвинения, так и защиты.

9 февраля 1506 года Тулузский парламент вынес свой вердикт: Жье был оправдан по самым серьёзным статьям обвинения, но признан виновным в некоторых злоупотреблениях и проступках, в основном касающихся использования королевских войск в личных целях. Он был отстранен от должности опекуна Франциска Ангулемского и на пять лет от должности маршала. В течении этих пяти лет ему было запрещено появляться при дворе или даже приближаться к нему на расстояние десяти лиг, и он был обязан выплатить в казну 10.800 ливров за злоупотребление королевскими войсками [438] . В связи с судебными издержками по этому делу Тулузский парламент выставил огромный общий счёт, составивший 35.905 ливров. Так например, прокурор Боннин представил счёт на 744 ливров. Поскольку королева выступала в качестве истца, счёт был передан её казначею. Брантом рассказывает, что Анна якобы заявила, что не желает казни Жье, потому что смерть это лекарство от всех бед, а она хочет, чтобы он страдал долгое время [439] .

После вынесения приговора Пьер де Жье удалился в свой замок Ле Верже близ Анже, где король останавливался по возвращении из Нанта в 1499 году. Этот эпизод породил шутку сатириков из корпорации Базош: "Маршал хотел оседлать ослицу, но она так сильно пнула его, что вышвырнула из двора через стены в виноградник". Он оставался в Ле Верже до конца своей жизни, управляя своими владениями, но умер в 1513 году в Париже, где у него был свой дом. По-видимому, Жье никогда больше не контактировал с Людовиком после того, как тот оставил без ответа его прошение о помиловании. После опалы маршала, кардинал д'Амбуаз стал единственным управляющим королевством, и, учитывая состояние здоровья короля, его власть только усилилась. Людовику же пришлось проглотить свою гордость и письменно смиренно извиниться перед Анной за то что внял приписываемым ей словам, утверждая, что Понбриан их выдумал [440] .

В деле против маршала королева Анна и Луиза Савойская стали невольными союзницами, потому что речь шла о судьбе их детей, поскольку уже давно планировался брак принцессы Клод и Франциска Ангулемского. Едва Клод сделала первый вдох, как было предложено обручить её с кузеном Франциском. Королева яростно противилась этой идее, что частично было связано с её глубокой неприязнью к Луизе, вероятно, потому что та не скрывала своих амбиций в отношении своего сына и открыто радовалась каждому мертворожденному ребёнку Анны. После одного из таких случаев Луиза записала в своём дневнике: "Анна, королева Франции… родила сына, но он не смог помещать возвышению моего Цезаря, так как ему не хватило для этого жизни" [441] .

Возможно, ещё большим фактором враждебности королевы к предложенному браку был её сильный бретонский сепаратизм. Если бы она умерла, не оставив сына, Бретань перешла бы к Клод и вернула бы себе прежнюю автономию. Брак Клод с наследником французского престола поставил бы под угрозу эту автономию, как это произошло с самой Анны вынужденной выйти замуж поочерёдно за двух французских королей, в то время как её брак с иностранным принцем укрепил бы полунезависимое положение герцогства. Луиза Савойская также возражала против этой помолвки, но её причины остаются менее ясны. Обе женщины не сговариваясь как могли противостояли этому браку. А вот маршал Жье, хотя и был бретонцем, решительно поддерживал объединение Бретани и Франции и поэтому настаивал на помолвке Клод и Франциска. Он считал, что этот брак необходим для будущего величия французской монархии, которой он был искренне предан. Во время судебного процесса он признался, что желал поддерживать проект брака до тех пор, пока сам король не уладит этот вопрос. Но есть основания полагать, что он продолжал настаивать на его заключении.

По всей видимости, Людовик поначалу одобрял предложенный брак, но под влиянием жены стал рассматривать руку своей дочери как важный дипломатический козырь, поскольку её будущее наследство было огромным призом. Если бы у Клод так и не появился брат, что становилось все более вероятным, поскольку две беременности Анны после рождения дочери закончились рождением нежизнеспособных младенцев, она бы унаследовала не только Бретань, но и владения Орлеанского дома — Орлеан, Блуа, Куси, Асти и Милан. Людовик не вернул свои семейные земли под власть короны, а сохранил их как свою частную собственность. Стремясь укрепить положение своей семьи, Людовик был готов проигнорировать угрозу, которую контроль над этими землями со стороны иностранного принца представлял бы для следующего французского короля.