Если обращение Людовика с разгромленной армией было суровым, то ещё больший гнев он обрушил на своих финансовых чиновников в Неаполе. Их обвинили в хищении у короля 1.200.000 ливров, предназначенных для армии. Луи де Сандрикур, бальи Блуа и соратник Людовика с юности, сказал ему, что злоупотребления казначеев стали причиной гибели 30.000 французских солдат и 2.000 жандармов. Около двадцати фискальных чиновников, служивших во Франции и Италии во время кампании, были обвинены в хищении, но число осужденных было значительно меньше. Пятеро были приговорены к конфискации имущества, трое из которых получили дополнительное наказание в виде позорного столба. Двоим чиновникам, приговоренным к смертной казни, было даровано помилование с заключением в тюрьму. Однако один из них, бальи Дижона, самый видный из обвиняемых чиновников, вскоре был полностью помилован возвращен на свои должности. По-видимому, никто так и не был казнён. Судебные процессы проходили в ряде городов по всей Франции, что породило предположения о том, что Людовик пытался восстановить доверие народа к королевской администрации и убедить людей в том, что поражение в Неаполе было виной нескольких злоумышленников [427] . Тем не менее, все усилия Людовика по наказанию своих фискальных чиновников, его бессердечное пренебрежение страданиями своих солдат и горячие желания исправить ситуацию не смогли изменить один очень важный момент: Неаполитанское королевство, так легко завоеванное десять лет назад, было безвозвратно потеряно.

Прежде чем дознание в отношении налоговых чиновников было завершено, в январе 1504 года, 40-летний Людовик, находясь в Лионе, серьёзно заболел [428] . Современники объясняли его болезнь душевным расстройством из-за потери Неаполя, и стресс действительно мог усугубить оба хронических заболевания, малярию и болезнь Грейвса, которыми, возможно, страдал король. Источники путают эту болезнь с более серьёзным заболеванием короля случившимся 1505 году, поэтому трудно точно определить, что произошло и когда; например, было ли это в 1504 или 1505 году, когда Франциск Ангулемский был вызван ко двору для подготовки к восшествию на престол. Ясно, что в обоих случаях врачи Людовика и его близкие считали, что он умирает, но в обоих случаях король через несколько месяцев поправился и вернулся к нормальной жизни. В 1504 году, после месяца, проведенного в постели, Людовик почувствовал себя достаточно хорошо, чтобы его отвезли в Блуа. Врачи посчитали, что свежий воздух пойдёт ему на пользу и к маю он достаточно оправился, чтобы вернуться к почти привычному распорядку дня [429] . Однако его привычки стали более умеренными, и в течение следующих десяти лет его личная жизнь стала очень размеренной.

В 1504 году опасность смерти короля и необходимости коронации 9-летнего Франциска привела к дискуссии о необходимости возможного введения регентства. Людовик хотел, чтобы регентом стала королева Анна, но с этим была проблема: она ещё не была официально коронована. Ни коронация королевы, ни её официальное вступление в престол не состоялись в то время, когда этого требовала традиция. Всё это было запланированы на январь 1501 года, то есть через два года после того, как Людовик и Анна поженились. Король обратился к Парижу с требованием подготовиться к коронационным торжествам. Однако тогда королевство в первый раз столкнулось с вопросом о том, как быть с королевой, ставшей женой двух королей, поскольку она уже при Карле VIII была коронована и вступила в престол в 1492 году. Некоторые придворные считали, что Анне вовсе не нужно снова проходить через этот обряд. Это мнение, наряду с более ранней критикой этих планов в Париже, особенно со стороны Университета, заставило Людовика внезапно отменить повторную коронацию жены. Анна сопротивлялась любым предложениям о проведении повторной коронации до тех пор, пока пошатнувшееся здоровье Людовика не сделало вполне возможным её назначение регентом при Франциске Ангулемском [430] . В октябре 1504 года Людовик направил парижскому муниципалитету письмо, с сообщением, что его "любимая и дорогая спутница королева решила торжественно въехать в наш добрый город Париж". Король попросил город подготовиться к встрече так же, как и с "нашей собственной персоной". Город согласился выделить на это 10.000 ливров вместо 5.000 ливров, предложенных в 1501 году [431] .

18 декабря 1504 года кардинал д'Амбуаз короновал Анну в Сен-Дени, причём в церемонии было одно нововведение. Перед началом церемонии Анна сняла обручальное кольцо и отдала его кардиналу, а тот во время коронации вернул его ей в знак того, что королева присягнула на верность королевству. По-видимому, это был первый случай применения подобного символического обряда на коронации королевы. Королеву приветствовали как вторую по значимости фигуру в королевстве после мужа, достойную всех его прав, почестей и полномочий. Это говорит о том, что велась подготовка к назначению Анны регентом в случае скорой смерти Людовика [432] .

Два дня спустя Анна прибыла к парижским воротам Сен-Дени. Там её встретил и сопроводил в город Людовик, по традиции отсутствовавший на коронации, а также городские власти и главные церковные прелаты. Там же у ворот один актёр торжественно продекламировал стихотворение, описывающее верность города своей "славной королеве". На пяти остановках по пути от ворот до собора Нотр-Дам Анну и её свиту развлекали нравоучительными мистериями. После молитвы в главном столичном соборе вся компания отправилась на устроенный и оплаченный городом пир. И по сценарию, и по оформлению въезд Анны в Париж по-прежнему был в значительной степени средневековой церемонией [433] .

Королевская чета оставалась в Париже несколько недель и присутствовала на рыцарских турнирах и других играх, устроенных для их развлечения. Однако парижские торжества омрачил суд над маршалом Жье, Пьером де Роаном-Гемене, обвинённым в оскорблении величества. Пока в 1504 году король был временно недееспособен, маршал руководил правительством, поскольку д'Амбуаз находился в Германии, ведя переговоры с Максимилианом. Хотя кардинала едва ли любили при дворе, его власть и влияние не вызывали такого сильного негодования, как возросшие власть и влияние Жье. Будучи бретонским дворянином, он был чужаком, и его второй брак с Маргаритой д'Арманьяк, сестрой герцога Немура, погибшего в битве при Чериньоле, также стал причиной недовольства, поскольку супруга передала мужу как герцогский титул так и обширные земельные владения. По стечению обстоятельств, кузен маршала женился на младшей сестре Маргариты, Шарлотте, что гарантировало переход наследства Арманьяков в семью де Роан. Когда в марте д'Амбуаз вернулся ко французскому двору, он тут же принялся ослаблять власть своего соперника [434] . Нет никаких доказательств того, что кардинал намеревался уничтожить маршала, но судебный процесс стал следствием начатой им интриги.

22 марта 1504 года Пьер де Понбриан, молодой человек из свиты Луизы Савойской, оказавшийся там по протекции маршала, подошел к королю, когда его несли на носилках через сады Блуа и попытался выдвинуть против Жье обвинение, но Людовик от него отмахнулся [435] . Но два дня спустя этот молодой человек вернулся и преграждал королю путь, пока тот его не выслушал. Людовик велел Понбриану рассказать о своих обвинениях д'Амбуазу. Кардинал быстро понял, как это можно использовать для того, чтобы подорвать власть маршала. Он запротоколировал допрос Понбриана и передал его маршалу. По словам королевского генерального прокурора Пьера Боннина, рьяно ведшего дело маршала, Жье "плакал и рыдал, когда читал показания, говоря, что он пропал, и признал, что всё это правда". Боннин также сделал вывод о его вине из того факта, что он затем уехал от двора "как беглец, не попрощавшись" [436] . Безусловно, покинув двор, разгневанный маршал создал видимость виновности и, что более важно, дал своим врагам возможность нашёптывать на ухо королю. Среди этих врагов особое место занимала королева Анна. Она ненавидела Жье за его роль в разгроме её отца во время Бретонской войны в начале царствования Карла VIII. Протоколы дела ясно показывают, что маршал также недолюбливал королеву и хорошо знал о её отношении к нему.

Обвинительное заключение против Жье состояло из двадцать трёх статей. Почти все они так или иначе были связаны с его должностью опекуна юного Франциска Ангулемского. Когда Людовик стал королем, он передал опеку над своим юным родственником, установленную соглашением 1496 года, Жье. Маршал прекрасно понимал какие возможности открывает перед ним обладание этой должностью. Но Луиза Савойская очень ревностно относилась к своему положению матери наследника престола, своего "Цезаря", как она называла его в своём дневнике, и тяготилась надзором установленным Жье. Несколько инцидентов способствовали вспыхнувшей между ними вражды, так например, когда один из людей маршала, которому было поручено сопроводить принца на мессу, обнаружил запертую дверь в покои Луизы, где спал Франциск, и попросту выломал её [437] .