Не обращая внимания на опасность и отказавшись от предложения Федериго о единовременной выплате 100.000 дукатов и ежегодной дани в течение двадцати четырех лет, Людовик в начале июня 1501 года отправил на Неаполь 1.000 жандармов и 10.000 пехотинцев, включая 5.000 швейцарцев. Ещё в мае он обратился к Болонье с просьбой о свободном проходе его армии через её территорию [382] . Командование экспедицией было поручено уже воевавшему в Италии Беро Стюарту д'Обиньи. Тем временем из Марселя отчалил мощный галерный флот, с несколькими тысячами солдат на борту, под командованием кузена Людовика, Филиппа Клевского. Когда армия подошла к Риму, французский и испанский послы при папском дворе раскрыли Александру VI секретное соглашение между их государями. Папа с энтузиазмом воспринял эту новость и издал буллу, назвав двух королей своими вассалами за Неаполь, все ещё считавшимся папским фьефом. Ещё в 1499 году Папа низложил короля Федериго за его переговоры с турками. Александр VI с размахом принял французских капитанов и приказал Чезаре присоединиться к ним со своими войсками [383] .

Федериго не знал о предательстве своего родственника до публикации папской буллы и поэтому позволил арагонскому флоту причалить в Калабрии и высадить экспедиционный корпус, а также отправил своего сына к испанцам в качестве заложника. Поскольку несколько ключевых неаполитанских крепостей уже были захвачены, он собрал оставшиеся войска в Капуе. Город был хорошо укреплён, но как только прибыл французский артиллерийский парк, защитники не захотели рисковать и испытывать на себе действие осадных орудий. После нескольких выстрелов они согласились на переговоры о капитуляции. По-видимому, во время переговоров гарнизон проявил халатность в обороне стен, поскольку французские войска бросились на штурм и ворвались в город. Хотя французы в ходе кампании до этого момента вели себя с необычайной выдержкой (Стюарт был строгим поборником дисциплины), оказавшись в Капуе они предались безжалостному грабежу и насилию. Согласно некоторым источникам, Чезаре Борджиа отобрал тридцать или сорок самых красивых женщин города и отправил их в Рим [384] .

Когда весть о разграблении Капуи распространилась по Южной Италии, никто больше не хотел оказывать сопротивление. Федериго бежал на Сицилию, и 4 августа Стюарт беспрепятственно вошёл в Неаполь. Там ему удалось держать своих людей под контролем, поэтому повторения событий в Капуе не произошло. Поскольку все его владения оказались в руках французов или испанцев, Федериго согласился сдаться французам, так как испытывал к своим испанским родственникам лишь ненависть. Его увезли во Францию, где Людовик пожаловал ему ежегодный доход в размере 20.000 ливров с герцогства Анжу и пенсию в 30.000 ливров. Федериго согласился на эти условия, чтобы, как он сказал, "избежать кровопролития" [385] . Он умер в Туре в 1504 году. Его сына отправили в Испанию, несмотря на обещание обоих командующих союзных войск, что он сможет сопровождать отца во Францию.

На данный момент сотрудничество между французами и испанцами продолжалось, поскольку они обратили своё внимание на вторую часть договора — крестовый поход против турок. После того как Людовик взял под контроль часть Италии, на него оказывалось большое давление с целью возглавить крестовый поход. Поскольку турки наступали на Венгрию и венецианские форпосты в восточном Средиземноморье, Венеция и Папа ожидали, что король возглавит усилия по сдерживанию мусульманского натиска. Людовик был готов к осуществлению этой идее, поскольку каждый христианский король той эпохи, даже Яков IV Шотландский, считал себя королем-крестоносцем, призванным спасти христианский мир. Для венецианцев наступление турок в Венгрии было столь же пугающим, как и потеря их восточных форпостов, поскольку, если бы Венгрия была завоевана, турки оказались бы на восточной границе Республики. Поэтому они и Папа обратили особое внимание Людовика на помощь королю Венгрии Уласло (Владиславу) II. Александр VI выполнил свою часть, аннулировав предыдущий брак Уласло и разрешив ему взять в жены французскую принцессу Анну де Фуа-Кандаль, дочь Гастона де Фуа-Кандаль, воспитывавшуюся при французском дворе. Брачный договор был подписан в марте 1501 года, а в июле 1502 года Анна покинула Блуа и через Венецию отправилась в Буду. Она умерла при родах в 1506 году, оставив младенца-сына, ставшего в 1516 году королем Венгрии Лайошем (Людовиком) II [386] .

Стремясь выполнить условия договора Людовик XII принял непосредственное участие в борьбе с турками в Средиземноморье. С 1494 года французский галерный флот в значительно пополнился за счет средств, собранных духовенством для крестового похода. В 1499 году король отправил двадцать две галеры на помощь Венеции для защиты Лепанто от турок, но это не смогло предотвратить падение крепости. Людовик даже написал султану, требуя прекратить нападения на своего союзника, но безрезультатно [387] . Теперь же, в 1501 году, флот Филиппа Клевского, состоявший примерно из двадцати галер, прибыв в Неаполь, не нашел там для себя применения и отправился в Адриатическое море. Там он присоединился к флотам Венеции и рыцарей Мальтийского ордена, великим магистром которого был родственник кардинала Эмери д'Амбуаз. На военном совете адмиралов было решено атаковать удерживаемую османами крепость Мителена на острове Лесбос.

В середине октября, времени уже позднем для кампании в Средиземноморье, союзные галеры высадили войска и выгрузили осадные орудия у Мителены. Это была своего рода десантная операция, в которой галерный флот весьма преуспел. Но когда союзным силам предпринявшим несколько штурмов не удалось взять крепость, в дело вступила особенность галерной войны — неспособность такого флота поддерживать свою боеспособность в течение длительного времени у вражеского побережья из-за ограниченного количества воды и продовольствия, которые можно было взять на борт. В венецианском отчете также отмечалась нехватка пороха. Шесть дней спустя союзники погрузились на галеры и отплыли восвояси. Но вскоре они попали в ужасный шторм, потопивший две французские галеры, в результате чего погибло более 1.000 человек [388] . Эта злополучная экспедиция стала последним случаем, когда французы сражались с мусульманами в том, что можно назвать крестовым походом. Затем последовало два десятилетия бездействия французов в войне христианства с исламом, после чего Франция под руководством Франциска I стала выстраивать негласный союз с Османской империей, направленный против Карла V.

Известие о поражении при Мителене почти не отвлекло Людовика и кардинала д'Амбуаза от задачи создания администрации для французской части Неаполитанского королевства. Король сначала предоставил всеобщую амнистию тем, кто против него воевал, поскольку французы считали их предателями своего законного суверена [389] . Жан Николаи, магистрат Тулузского парламента, был назначен канцлером королевства с жалованием в 1.500 ливров. Хотя Николаи, как показывает его переписка, кажется честным и способным человеком, многие другие французы, назначенные на административные должности в Неаполе, таковыми не были. Людовик был в основном заинтересован в том, чтобы использовать эту возможность для удовлетворения своего окружения церковными бенефициями, должностями и земельными владениями [390] . Жадность тех, кого король поставил у власти, стала одной из главных причин недовольства французским правлением как неаполитанского народа, так и последующего поражения французских войск. Например, уважаемый капитан, Ив д'Алегр, продал венецианцам большое количество пшеницы, предназначенной для французской армии. Испанцы захватили венецианский корабль с пшеницей и переправили её своим войскам. Возможно, худшим примером кадровых решений Людовика стало назначение в конце 1501 года командующим войсками в Южной Италии, вместо Стюарта, Луи де Немура. Хотя Немур происходил из знатнейшего дома Арманьяк, он был молод и безрассуден, и не подходил на роль преемника уважаемого ветерана. Это вызвало негодование, и, что ещё серьёзнее, Немур, чтобы доказать свою состоятельность, стремился к войне с испанцами [391] .

Людовик был очень заинтересован в доходах с Неаполитанского королевства, рассчитывая использовать их для оплаты итальянских кампаний. Доходы короны в 1502 году составили 571.000 ливров, в то время как расходы французской администрации достигли 560.000 ливров. Оказалось, что из Неаполя очень трудно получить что то сверх расходов на содержание гарнизонов и чиновников, и, возможно, король так и не получил ни денье. Одним из его первых действий стало распоряжение о чеканке нового дуката для Неаполя, с его именем, титулом короля Франции и Неаполя и бюстом на одной стороне, а на другой — надписью Perdem Babilonis Nomen (Я уничтожу имя Вавилона). Обычно считается, что под Вавилоном подразумевались турки, хотя существуют предположения, что это был намёк на папство [392] .